Die Fancybox Version 2.7.2 funktionierte nach dem Auto-Update nicht mehr, nach ein wenig Kontrolle im Quelltext, habe ich auch heraus gefunden warum. Die JavaScript Datei wurde nicht mehr korrekt eingebunden.

Das Problem liess sich aber verblüffenderweise ohne großen Aufwand beheben. Geht im Backend zu den Fancybox-Einstellungen und speichert diese einfach noch mal. Danach hat bei mir wieder alles so wie vorher funktioniert.